Quy định về kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở người nộp thuế được quy định tại Điều 72, Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 09 năm 2021 như sau:

Điều 72.  Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

1. Các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, tần suất kiểm tra, thời gian gửi Quyết định kiểm tra được thực hiện theo điểm a, b, d, đ, e, g khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 110 Luật Quản lý thuế.

Các trường hợp giải thể, chấm dứt hoạt động không phải thực hiện quyết toán thuế nêu tại điểm g khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế:

a) Người nộp thuế thuộc diện nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện giải thể, chấm dứt hoạt động.

b) Người nộp thuế giải thể, chấm dứt hoạt động nhưng kể từ thời điểm thành lập đến thời điểm giải thể, chấm dứt hoạt động, doanh nghiệp không phát sinh doanh thu, chưa sử dụng hóa đơn.

2. Xây dựng, phê duyệt và điều chỉnh kế hoạch, chuyên đềkiểm tra hằng năm

a) Hằng năm, Tổng cục Thuế thực hiện hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đềkiểm tra trong toàn hệ thống cơ quan thuế.

b)Cơ quan thuế các cấp căn cứ hướng dẫn của Tổng cục Thuế thực hiện xây dựng kế hoạch, chuyên đềkiểm tra, cụ thể:

b.1)Chi cục Thuế lập và gửi Cục Thuế xem xét phê duyệt kế hoạch, chuyên đềkiểm tra hằng năm.

b.2)Cục Thuế lập và gửi Tổng cục Thuế xem xét phê duyệt kế hoạch, chuyên đềkiểm tra hằng năm.

b.3)Tổng cục Thuế lập và tự phê duyệt kế hoạch, chuyên đềkiểm tra của mình, gửi báo cáo Thanh tra Bộ Tài chính kế hoạch đã được phê duyệt.

c)Hằng năm cơ quan thuế tiến hành rà soát điều chỉnh kế hoạch, chuyên đềkiểm tra đối với các trường hợp:

c.1)Theo yêu cầu của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hoặc Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên;

c.2)Theo đề xuất của Thủ trưởng cơ quan thuế được giao nhiệm vụ kế hoạch, chuyên đềkiểm tra.

c.3)Do xử lý trùng lặp trong hoạt động kiểm tra.

Cơ quan thuế khi điều chỉnh kế hoạch, chuyên đềphải nêu rõ lý do điều chỉnh và báo cáo cơ quan phê duyệt kế hoạch, chuyên đềđể điều chỉnh.

d)Ngoài việc xây dựng kế hoạch, chuyên đềkiểm tra hằng năm nêu trên, trong năm cơ quan thuế các cấp có thể thực hiện xây dựng kế hoạch chuyên đề phát sinh theo yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp hoặc theo chỉ đạo của cấp trên. Việc xây dựng kế hoạch chuyên đề phải được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro và Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp phê duyệt, báo cáo cấp trên.

3. Việc xử lý trùng lặp trong hoạt động kiểm tra

a) Trường hợpđối tượngkiểm tra của cơ quan thuế cấp dưới nếu có sự trùng lặp về đối tượng kiểm tra với kế hoạch kiểm tra, thanh tra về thuế của cơ quan Thanh tra Nhà nước, Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thuế cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch của Thanh tra Nhà nước, Kiểm toán Nhà nước, và cơ quan thuế cấp trên;

b) Đối với các trường hợp trùng lặp về đối tượng thuộc kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế với các cơ quan khác của Nhà nước thì Thủ trưởng cơ quan thuế phối hợp với Thủ trưởng cơ quan nhà nước có sự trùng lặp để xử lý và báo cáo cơ quan phê duyệt kế hoạch khi cần thiết.

4. Công khai kế hoạch, chuyên đềkiểm tra hằng năm.

Kế hoạch, chuyên đềkiểm tra hằng năm (kể cả kế hoạch, chuyên đềsau điều chỉnh) phải được công khai trên trang thông tin điện tử của cơ quan thuế hoặc thông báo cho người nộp thuế và cơ quan thuế trực tiếp quản lý người nộp thuế (thông báo bằng văn bản hoặc điện thoại hoặc thư điện tử) chậm nhất là 30 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định phê duyệt hoặc điều chỉnh kế hoạch, chuyên đềkiểm tra.

5. Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế

a) Ban hành Quyết định kiểm tra thuế

Cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra thuế đối với trường hợp quy định tại Điều 110 Luật Quản lý thuế. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra thuế đối với các nội dung và thời kỳ có rủi ro, trừ kiểm tra hoàn thuế. Quyết định kiểm tra thuế lập theo mẫu số 04/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

Thời hạn kiểm tra được xác định theo quy định tại Khoản 4 Điều 110 Luật Quản lý thuế. Trong trường hợp gia hạn, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người có thẩm quyền ban hành Quyết định gia hạn theo mẫu số 05/KTTban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

b) Việc kiểm tra theo Quyết định kiểm tra thuế phải được tiến hành chậm nhất là 10 ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định kiểm tra trừ trường hợp phải bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số 06/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này hoặc hoãn thời gian kiểm tra.

Khi bắt đầu kiểm tra thuế, Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế, lập Biên bản công bố và giải thích nội dung Quyết định kiểm tra để người nộp thuế hiểu và có trách nhiệm chấp hành Quyết định kiểm tra. Biên bản công bố Quyết định kiểm tra được lập theo mẫu số 07/KTTban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

c) Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra, thì văn bản phải nêu rõ lý do và thời gian hoãnhoặc trường hợp cơ quan thuế có lý do bất khả kháng phải hoãn thời gian tiến hành kiểm tra thì cơ quan thuế có văn bản thông báo cho người nộp thuế trước khi hết thời hạn công bố quyết định kiểm tra theo mẫu số 08/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

Trong quá trình kiểm tra, nếu phát sinh lý do bất khả kháng, không thể tiếp tục thực hiện kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm trađể tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.

d) Trường hợp trong quá trình kiểm tra thuế phát sinh việc phải điều chỉnh về Quyết định kiểm tra (thay Trưởng đoàn, thành viên hoặc bổ sung thành viên đoàn kiểm tra, bổ sung nội dung, thời kỳ kiểm tra hoặc điều chỉnh giảm thành viên đoàn kiểm tra, nội dung, thời kỳ kiểm tra) thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo người có thẩm quyền để ban hành Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra. Quyết định điều chỉnh quyết định kiểm tra được thực hiện theo mẫu số 09/KTT, 10/KTT, 11/KTTban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

đ) Biên bản kiểm tra thuế

đ.1)Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế,Đoàn kiểm tra lập dự thảo Biên bản kiểm tra theo mẫu số 12/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này và công bố công khai trước Đoàn kiểm tra và người nộp thuế để có ý kiến, giải trình. Ý kiến, giải trình của người nộp thuế phải được lưu cùng dự thảo biên bản (nếu có). Biên bản công khai dự thảo Biên bản kiểm tra lập theo mẫu số 13/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

Việc có ý kiến giải trình, hoàn thiện và ký Biên bản kiểm tra giữa Đoàn kiểm tra với người nộp thuế phải được thực hiện trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc kiểm tra. Nếu người nộp thuế vẫn có ý kiến thì được ghi tại Biên bản hoặc lưu cùng Biên bản đã ký. Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế nếu người nộp thuế là tổ chức có con dấu riêng (bao gồm cả dấu riêng, giáp lai giữa các trang của biên bản).

đ.2)Trường hợp còn vướng mắc về cơ chế chính sách phải xin ý kiến thì ghi nhận tại biên bản. Khi có văn bản trả lời thì Đoàn kiểm tra hoặc bộ phận kiểm tra chịu trách nhiệm lập phụ lục biên bản với người nộp thuế theo mẫu số 14/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư nàyđể xử lý theo quy định của pháp luật.

đ.3) Trường hợp người nộp thuế không ký Biên bản kiểm tra khi hết thời hạn theo quy định thì Trưởng đoàn kiểm tra phải lập biên bản vi phạm hành chính về việc không ký biên bản, báo cáo người có thẩm quyền ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định, đồng thời yêu cầu người nộp thuế ký biên bản kiểm tra.

e) Xử lý kết quả kiểm tra thuế

e.1) Chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra với người nộp thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáokết quả kiểm tra vớilãnh đạo bộ phận kiểm tra và người ban hành quyết định kiểm tra.

Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính thì Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế hoặc phải chuyển hồ sơ đến người có thẩm quyền xử phạt. Trường hợp kết quả kiểm tra không xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính thì người ban hành Quyết định kiểm tra ban hành Kết luận kiểm tra theo mẫu số 15/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

e.2)Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế thì trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo Thủ trưởng cơ quan thuế để xem xét tiến hành thanh tra hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật.

Trình tự, thủ tục và thời hạn ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế,chuyển hồ sơ đến người có thẩm quyền xử phạt thực hiện hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra thực hiện theo quy định tại Luật Xử lý vi phạm hành chính, Luật tố tụng hình sự, các văn bản hướng dẫn thi hành và Nghị định số 125/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hoá đơn.

g) Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được ghi nhật ký điện tử.

6. Giám sát Đoàn kiểm tra

a)Việc giám sát hoạt động Đoàn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện đối với tất cả các Đoàn kiểm tra thuế và thực hiện bằng hình thức Người ban hành Quyết định kiểm tra tự giám sát hoặc giao giám sát.

Trường hợp Người ban hành quyết định kiểm tra thuế tự thực hiện giám sát thì được quy định tại Quyết định kiểm tra. Trường hợp giao giám sát thì Người ban hành Quyết định kiểm tra ban hành Quyết định giám sát.

b)Quyết định giám sát được gửi cho Đoàn kiểm tra thuế, người giám sát, đối tượng kiểm tra thuế, các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan và được công bố cùng thời điểm công bố Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

c)Việc giám sát hoạt động của Đoàn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được tiến hành thường xuyên kể từ ngày công bố Quyết định kiểm tra đến ngày kết thúc thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuếvà phảituân thủ theo pháp luật, bảo đảm tính chính xác, khách quan, công khai, dân chủ, kịp thời.

7. Cơ sở dữ liệu phục vụ cho việc thực hiện các trình tự thủ tục quy định tại khoản 5 Điều này nếu đáp ứng điều kiện để sử dụng ứng dụng công nghệ thông tin thì không nhất thiết phải tiến hành tại trụ sở của người nộp thuế.