Quy định về kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế được quy định tại Điều 71, Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 09 năm 2021 như sau:

Điều 71.  Kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế

1. Phân loại hồ sơ thuế:

Hồ sơ thuế được phân loại thành 03 mức độ rủi ro: Rủi ro thấp, rủi ro trung bình, rủi ro cao.

2. Cơ quan thuế đề xuất kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế hoặc xử lý theo quy định tại khoản 3, khoản 4 Điều này đối với hồ sơ có rủi ro cao.

3. Kiểm tra hồ sơ thuế

Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế mà có nội dung khai không chính xác, khai thiếu hoặc có những nội dung cần làm rõ liên quan đến số thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì cơ quan thuế ban hành thông báo (lần 1) theo mẫu số 01/KTT về việc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo về việc giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu, người nộp thuế phải  giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu. Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc bằng văn bản (bản giấy hoặc bằng phương thức điện tử).

Trường hợp người nộp thuế giải trình trực tiếp tại cơ quan thuế thì cơ quan thuế lập Biên bản làm việc theo mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

4. Xử lý kết quả kiểm tra

a) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu (lần 1 hoặc lần 2) mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin được lưu cùng hồ sơ thuế.

b) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuế là chính xác hoặc có những nội dung cần làm rõ thêm thì cơ quan thuế ban hành thông báo (lần 2) theo mẫu số 03/KTT về việc người nộp thuế có thể tiếp tục giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc tự giác khai bổ sung hồ sơ khai thuế và người nộp thuế tự chịu trách nhiệm đối với nội dung khai bổ sung. Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ khai thuế là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo. Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 lầnđối với mỗi cuộc kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.

c) Hết thời hạn theo thông báo (lần 2) của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu có đủ căn cứ ấn định; trong trường hợp không đủ căn cứ ấn định số thuế phải nộp, cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc làm cơ sở để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

d) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu (lần 2) mà cơ quan thuế đủ căn cứ xác định hành vi vi phạm hành chính về thuế thì cơ quan thuế lập biên bản vi phạm hành chính, xử lý theo quy định.