Theo quy định tại Điều 77 và Điều 78 Luật Quản lý thuế, Cơ quan thuế kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của các thông tin, tài liệu trong hồ sơ thuế nhằm đánh giá sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế. Kiểm tra thuế tại trụ sở  của người nộp thuế thuế được thực hiện như sau

a) Các trường hợp thuộc diện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:

a.1) Trường hợp người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế; không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng; hoặc cơ quan thuế không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp.

a.2) Các trường hợp thuộc diện kiểm tra hồ sơ trước khi hoàn thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 52 Thông tư này.

b) Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:

b.1) Thủ trưởng Cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a khoản 2 Điều này. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế. Người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra khi không có quyết định kiểm tra thuế.

Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế do thủ trưởng cơ quan thuế ban hành theo mẫu số 03/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này. 

Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải có những nội dung cơ bản sau đây:

- Căn cứ pháp lý để kiểm tra;

- Đối tượng kiểm tra (trường hợp đối tượng kiểm tra là người nộp thuế có các đơn vị thành viên thì nội dung Quyết định kiểm tra phải ghi cụ thể danh sách đơn vị thành viên thuộc đối tượng kiểm tra theo Quyết định);

- Nội dung, phạm vi kiểm tra;

- Thời gian tiến hành kiểm tra;      

- Trưởng đoàn kiểm tra và các thành viên khác của đoàn kiểm tra.

- Quyền hạn và trách nhiệm của Đoàn kiểm tra và đối tượng kiểm tra.

b.2) Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:

- Chậm nhất là ba ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định, Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải được gửi cho người nộp thuế. 

- Trong thời gian năm ngày làm việc, kể từ ngày nhận được Quyết định kiểm tra thuế hoặc trước thời điểm tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế mà người nộp thuế chứng minh được với cơ quan thuế số thuế đã khai là đúng hoặc nộp đủ số tiền thuế, tiền phạt phải nộp theo tính toán của cơ quan thuế, thì Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số 16/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.

- Việc kiểm tra theo Quyết định kiểm tra thuế phải được tiến hành chậm nhất là mười ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định. Khi bắt đầu tiến hành kiểm tra thuế, trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế, lập Biên bản công bố theo mẫu số 05/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này và giải thích nội dung Quyết định kiểm tra để đối tượng kiểm tra hiểu và có trách nhiệm chấp hành Quyết định kiểm tra. Trường hợp khi nhận được Quyết định kiểm tra, người nộp thuế đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra thì phải có văn bản gửi cơ quan thuế nêu rõ lý do và thời gian hoãn để xem xét quyết định. Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hoãn thời gian kiểm tra, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết về việc chấp nhận hay không chấp nhận việc hoãn thời gian kiểm tra.

- Trong quá trình thực hiện Quyết định kiểm tra, Đoàn kiểm tra thực hiện việc đối chiếu nội dung trong hồ sơ thuế với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế trong phạm vi nội dung của Quyết định kiểm tra thuế.

Trường hợp xét thấy cần thiết phải tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế, Trưởng đoàn kiểm tra ban hành quyết định hoặc báo cáo lãnh đạo bộ phận kiểm tra để trình người ban hành quyết định kiểm tra quyết định áp dụng biện pháp tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế theo quy định.

Người nộp thuế có nghĩa vụ cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra theo yêu cầu của Đoàn kiểm tra; chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của thông tin, tài liệu đã cung cấp. Đối với các thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra; thông tin, tài liệu thuộc bí mật nhà nước, người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.

- Thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế không quá năm ngày làm việc thực tế, kể từ ngày công bố bắt đầu tiến hành kiểm tra. Trong trường hợp xét thấy cần thiết, cần có thêm thời gian để xác minh, thu thập chứng cứ thì chậm nhất là một ngày trước khi kết thúc thời hạn kiểm tra theo quy định, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo lãnh đạo bộ phận kiểm tra để trình người ban hành Quyết định kiểm tra gia hạn kiểm tra. Quyết định kiểm tra chỉ được gia hạn một lần, dưới hình thức Quyết định theo mẫu số 18/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này. Thời gian gia hạn không quá năm ngày làm việc thực tế.

b.3) Biên bản kiểm tra thuế:

Biên bản kiểm tra thuế phải được lập theo mẫu số 04/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này và được ký trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc kiểm tra.

Biên bản kiểm tra gồm các nội dung chính sau:

- Các căn cứ pháp lý để thiết lập biên bản.

- Kết luận về từng nội dung đã tiến hành kiểm tra, xác định hành vi vi phạm, mức độ vi phạm; xử lý vi phạm theo thẩm quyền; kiến nghị biện pháp xử lý không thuộc thẩm quyền của Đoàn kiểm tra.

Biên bản kiểm tra phải được công bố công khai trước Đoàn kiểm tra và người nộp thuế được kiểm tra. Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế nếu người nộp thuế là tổ chức có con dấu riêng. 

Người nộp thuế được quyền nhận biên bản kiểm tra thuế, yêu cầu giải thích nội dung Biên bản kiểm tra thuế và bảo lưu ý kiến trong Biên bản kiểm tra thuế.

Khi kết thúc quá trình kiểm tra, trường hợp người nộp thuế không ký Biên bản kiểm tra thuế thì chậm nhất trong 05 ngày làm việc kể từ ngày công bố công khai biên bản kiểm tra,  Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo lãnh đạo bộ phận kiểm tra để trình người ban hành quyết định kiểm tra để ban hành thông báo yêu cầu người nộp thuế ký biên bản kiểm tra. Nếu người nộp thuế vẫn không ký biên bản kiểm tra thì trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày công bố công khai biên bản kiểm tra, Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định xử lý truy thu thuế; xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc kết luận kiểm tra thuế theo nội dung biên bản kiểm tra.

b.4) Xử lý kết quả kiểm tra thuế:

- Chậm nhất năm ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra với người nộp thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo lãnh đạo bộ phận kiểm tra để trình người ban hành Quyết định kiểm tra về kết quả kiểm tra. Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến phải xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính thì trong thời hạn không quá mười ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản, Thủ trưởng cơ quan thuế phải ban hành Quyết định xử lý thuế, xử phạt vi phạm hành chính theo mẫu số 17/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này. Người nộp thuế có nghĩa vụ chấp hành quyết định xử lý kết quả kiểm tra về thuế. Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến không phải xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính thì Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Kết luận kiểm tra.

- Trường hợp mức xử phạt đối với hành vi vi phạm của người nộp thuế vượt quá thẩm quyền xử phạt của người ban hành quyết định kiểm tra thuế, trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra thuế, người ra quyết định kiểm tra có văn bản đề nghị người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính về thuế (kèm theo Biên bản kiểm tra) và thông báo cho người nộp thuế biết.

Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề nghị ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, người nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế phải ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế; hoặc thông báo và chuyển hồ sơ lại cơ quan thuế đã đề nghị về việc không thuộc thẩm quyền xử phạt.

Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế thì trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo thủ trưởng cơ quan thuế để ban hành quyết định xử lý sau kiểm tra, hoặc chuyển hồ sơ sang bộ phận thanh tra hoặc xem xét xử lý theo quy định của pháp luật.

Đối với vi phạm hành chính có nhiều tình tiết phức tạp thì thời hạn ban hành quyết định xử phạt là 30 ngày kể từ ngày ký biên bản kiểm tra. Trong trường hợp xét cần có thêm thời gian để xác minh, thu thập chứng cứ thì người có thẩm quyền phải báo cáo thủ trưởng trực tiếp của mình bằng văn bản để đề nghị gia hạn; việc gia hạn phải bằng văn bản, thời hạn gia hạn không được quá 30 ngày kể từ ngày ký biên bản kiểm tra.